Обследование женщин необходимо проводить в определенные дни, зависящие от ее менструального цикла. Таким образом, обсемененность и видовой состав диагностируемого биотопа урогенитального тракта целесообразно проводить в первую половину цикла, но не ранее пятого дня, или во вторую половину цикла, не позднее, чем за пять дней до начала месячных. Явные воспаления могут стать основой того, чтобы взять образец в день обращения. Обследуемая не должна проводить спринцевания влагалища ни перед днем сдачи анализов, ни в этот день.
Также следует иметь в виду, что взятие биоматериала на фоне антибактериальной терапии приведет к ложным показаниям, поэтому не рекомендуется. Это можно делать только через 14 дней после применения антибактериальных препаратов и местных антисептиков, не ранее чем через 1 месяц после приема антибиотиков преорально.
В число заведомо ошибочных попадают также анализы, взятые ранее 24-28 часов после полового акта, применения пробиотиков, эубиотиков, интравагинального УЗИ, кольпоскопии. Взятие тестируемого образца из уретры мужчин или женщин следует производить только спустя 2-3 часа после мочеиспускания.